| 中国科学院海洋 研究所 | 1950年 | 青岛 | 735 | “科学”、“创新”系列科考船、近海海洋观测网络、西太平洋潜标观测网 | 实验海洋生物学、海洋生态与环境科学、海洋环流与波动、海洋地质与环境、海洋环境腐蚀与生物污损 |
| 中国科学院沈阳 自动化研究所 | 1958年 | 沈阳 | 总数1 274人，其中海洋领域300人 | “海翼”水下滑翔机、“海斗一号”全海深自主遥控潜水器、“潜龙”系列自主水下机器人 | 水下智能装备及系统 |
| 中国科学院南海 海洋研究所 | 1959年 | 广州 | 656 | “实验”系列科考船、南海海洋观测网络、中国科学院岛礁综合研究中心 | 热带海洋环境动力与生态过程、边缘海地质演化与油气资源、热带海洋生物资源可持续利用与生态保护和海洋环境观测体系及其关键技术 |
| 中国科学院声学 研究所 | 1964年 | 北京 | 857 | “实验1”号科考船、 国家海底科学观测网 | 水声物理与水声探测技术、环境声学与噪声控制技术、通信声学 |
| 中国科学院烟台 海岸带研究所 | 2006年 | 烟台 | 229 | “创新”系列科考船 | 海岸带生态环境安全、资源保育利用与可持续发展管理 |
| 中国科学院深海科学与工程研究所 | 2011年 | 三亚 | 215 | “探索”系列科考船、“深海勇士”号载人潜水器、“奋斗者”号万米载人潜水器 | 深海环境与生态过程、深海地质构造、沉积演变及其油气矿产资源、深海环境下的生物学特征、深海工程技术和装备 |
| 自然资源部第一 海洋研究所 | 1958年 | 青岛 | 600 | “向阳红01”和“向阳红18”科考船 | 海洋资源与环境地质；海洋灾害发生机理及预测方法；海气相互作用与气候变化；海洋生态环境变化规律和海岛海岸带保护与综合利用 |
| 自然资源部第三 海洋研究所 | 1959年 | 厦门 | 435 | “向阳红03”科考船、国家级深海微生物资源库 | 深海生物研究与海洋生物资源开发利用、全球变化与区域海洋响应、海洋生物多样性与生态系统保护、应用海洋学 |
| 自然资源部第二 海洋研究所 | 1966年 | 杭州 | 400 | “向阳红10”科考船、“大洋号”大洋综合资源调查船 | 海底科学与深海勘测技术、海洋动力过程与数值模拟技术、卫星海洋学与海洋遥感、海洋生态系统与生物地球化学、工程海洋学 |
| 中国水产科学研究院黄海水产研究所 | 1947年 | 青岛 | 403 | “蓝海101”号、“北斗”号、“中渔科101”号、“中渔科102”号海洋渔业综合调查船 | 海洋生物资源开发与可持续利用研究 |
| 中国水产科学研究院南海水产研究所 | 1953年 | 广州 | 310 | “南锋”号、“南锋2”号渔业资源调查船 | 南海区域从事热带亚热带水产基础与应用基础研究、水产高新技术和水产重大应用技术研究 |
| 中国水产科学研究院东海水产研究所 | 1958年 | 上海 | 450 | “蓝海201”海洋渔业综合科学调查船 | 远洋与极地渔业资源开发、河口与近海渔业生态学、渔业资源保护及利用等 |